После возведения церкви в честь Смоленской иконы Божьей матери, а также ,,самовольного, появления монашеской общины на Житном острове монастырь не раз сталкивался с серьезными «затруднительными обстоятельствами», грозившими его упразднением.
В начале 1719 года на кафедру митрополита Крутицкого вступил Суздальский епископ Игнатий, с правом заведовать Патриаршим казенным приказом и духовными делами Патриаршей области, к которой принадлежал тогда и Осташков. Епископ, узнав о самовольном устройстве монастыря, издал письменное постановление об упразднении на Житном не только монастыря, но и церкви: ,,Новопостроенную церковь разобрать и со всем имуществом отдать или в Знаменский монастырь, или в Пелагеину пустынь, смотря по тому, которого из этих монастырей игуменья с сестрами будут бить челом; вдового попа Леонтия Иванова, который вместо крестьянина Фомы Макарова к челобитной его прикладывал руку, сыскать и постричь в монахи в Ниловой пустыни, и держать его там под крепким началом; пришлых монахов с острова [выселить и отправить] по своим их обещаниям (там, где они прежде жили), чтоб от них мирским людям соблазну и расколу не было,,
После выхода указа игуменья осташковского Знаменского монастыря Неонила подала челобитную, в которой просила отдать Житенную церковь к ним в монастырь. Их церковь в честь Усекновения главы святого Иоанна Предтечи была очень ветхой, а для строительства новой не хватало средств. Таким образом, 10 апреля 1719 года Патриаршим приказом было издано постановление, в соответствии с которым церковь на Житном острове переходила во владение Знаменского монастыря. Однако в действительности этого так и не произошло. После нескольких попыток разобрать церковь игуменья Неонила отказалась от нее и больше по этому вопросу в Приказ не обращалась.
Сами осташковцы, не обращая внимания на указы, продолжали заботиться о церкви и благоустраивать ее. После создания нового, дополненного иконостаса они попросили в Санкт-Петербурге у местоблюстителя патриаршего престола, Рязанского митрополита Стефана разрешение на освящение церкви. Митрополит сразу дал свое согласие, но, несмотря на это, процесс освящения храма шел очень медленно. Проблема состояла в том, что селижаровский игумен Нифонт, которому было предписано совершить данный обряд, поначалу обещал, но потом отказался от своих намерений, побоявшись преосвященного Игнатия. Тогда, по новому прошению земских старост Осташковских слобод Власа Елецкого и Леонтия Терехова, указом от 28 октября 1719 года освящение было предписано произвести священнику Харитону Григорьеву из погоста Полнова Новгородского уезда. После освящения церкви, согласно указу епископа Игнатия, священника Леонтия Иванова все же постригли и вместе с другими монахами с острова удалили.
Однако определенно говорить об упразднении монастыря вряд
ли возможно. По документам за 1724 год на острове Житном числилась и церковь с прежним освящением, совершенным в 1719 году, и колокольня, и монастырь с новым, лучшим иконостасом, А по данным ведомостей о монашествующих, бельцах и послушниках, на тот момент в монастыре насчитывалось десять человек. Вероятно, монахи постепенно возвращались на остров, продолжая сохранять и поддерживать деятельность обители.
Вскоре после первого указа об упразднении монастыря в 1719 году, в 1724 году на основании Положения регламента от Духовного правления вышло второе повеление об упразднении. Здесь речь шла уже обо всех малобратственных обителях и пустынях, которые необходимо было объединить с большими монастырями. Чтобы спасти мужской Житенный монастырь от закрытия игумен Ма-карий послал челобитную в Московскую духовную Дикастерию об оставлении церкви и Житенного монастыря. Для того, чтобы проверить, в каком состоянии находится эта обитель, Дикастерия обратилась к Управителю духовных дел Ржевского уезда селижаров-скому игумену Нифонту. К нему был послан указ, где говорилась о том, что если при церкви нет жителей, то ее нужно разобрать и со всем имуществом отправить в Троицкий Селижаровский монастырь, а если есть, то обратить ее в приходскую и оставить всю необходимую утварь. Когда осташковские жители узнали об этом, они испугались, что могут лишиться не только церкви, но и почитаемой ими иконы Смоленской Божьей Матери. В итоге, во главе со старостой Иосифовской слободы Карпом Фокиным они подали прошение игумену Нифонту, в котором просили не забирать у них икону и сделать церковь приходской. Но игумен наотрез отказался помогать, сославшись на то, что моста между островом и городом нет, селиться жителям там ни к чему, а монахи хоть и живут там, но испытывают великую нужду. Однако жители города решили бороться своими силами и любой ценой добиться своей цели.
13 августа 1724 года в монастырь приехали Комиссар земских дел Лазарь Козлов и управитель Осташковской синодальной слободы Феодор Никифоров Рогозин. Они пришли в келью к игумену и попросили его отслужить в церкви молебен храмовой иконе Пресвятой Богородице. Игумен согласился. Войдя в церковь и облачившись в святую рясу, он начал отправлять молебное чтение. В это время в церковь зашли приказчик Иосифовской слободы Наум Ефимов, староста Карп Фокин, крестьяне Игнатий Уткин, Леон Терехов, Еремей Соловьев, Андрей Фокин и многие другие; всего было 50 человек. Когда игумен закончил пение и разоблачившись вышел из алтаря, крестьянин Игнатий Уткин с товарищами стал просить, чтобы он отдал образ Богородицы для всенощного пения и молебнов в городе. Настоятель монастыря отказался. Тогда они взяли икону, самовольно вынесли ее из церкви и увезли в Воскресенскую церковь. Испугавшись, игумен написал донесение в Московскую духовную Дикастерию и просил произвести законный суд над Игнатием Уткиным. Чтобы уладить ситуацию, земские старосты Григорий Фомин и Карп Фокин поехали в Москву и подали в Дикастерию челобитную, которую подписало 76 человек. Чуть позже к ним присоединились еще 39 человек, и того получилось 115 (из них 28 были прихожане Троицкого собора и 87 — Воскресенского). Они просили переделать церковь на Житном острове в приходскую и не забирать из нее утварь, а что касается священника с причетниками, то они обязались содержать их сами. Убедившись в том, что жители хотят взять не только церковь, но и монастырь на свое содержание, Дикастерия дала свое согласие. Однако монастырь все же был упразднен, но только на незначительное время. В 1727 году вышел указ, в котором говорилось, что все маловотчиные и безвотчиные монастыри, содержавшие себя сами, не ликвидируются и монахи могут вернуться обратно.
С этого времени жизнь осташковского мужского Житенного монастыря потихоньку стала налаживаться. Никаких значительных событий, грозящих закрытием обители, больше не происходило, что позволяло настоятелю и братии спокойно совершать Богослужение. Жизнь их протекала тихо и размерено, тем более что Житенный монастырь никогда не был особо посещаемым. Женщины из города приходили сюда в церковь редко и лишь по воскресеньям, так как в основном они посещали собор Знаменского женского монастыря.
Единственным исключением для всех было 28 июля (по новому стилю 10 августа) — праздник Смоленской иконы Богоматери Одигитрии. Это было действительно значимое событие для всех горожан. В этот день из всех городских церквей Осташкова отправлялся крестный ход, который стекался к Житному острову, где, таким образом, собирался народ со всего города и уезда. В течение последующих двух-трех дней в Осташкове проходило самое большое и парадное гулянье. По традиции на это торжество девушки и замужние женщины надевали свои самые лучшие новые или старинные наряды и украшения, передававшиеся порой через поколения.